科学教是这对夫妻分道扬镳的根本原因。妮可住院期间，科学教对她感情不和的丈夫出了宣告。3月18日，新闻媒体刊登了错误报道，称教龄长达15年的汤姆退出了科学教，文章引述一位言人的话说，他的退教纯属“个人原因”，不过，他对科学教表示祝福，并对之进行了慷慨的捐助。不到เ24๒小时，汤姆的律师伯特·菲尔茨就准备战斗了：他否认汤姆退出了科学教或者有意退出科学教。他的反应之快一如从前——以往，一看到暗示汤姆受到科学教的束缚、与科学教的联系有所削弱，菲尔茨就会立即采取行动。
的确，妮可离科学教越来越远，而汤姆对L·罗恩·哈伯德的信仰则越来越坚定。妮可的密友、女演员娜奥米·沃茨说：“汤姆对科学教一向比对妮可更用心。他有点像个狂热的教徒；妮可从来不想走上那条路。”妮可对科学教的热情日减，再加之ใ她从小信仰天主教，播下了她与丈夫产生矛盾的种子。她放弃了科学教，实际上就是放弃了丈夫。她变成了一个“可能ม的麻烦源”：她回归天主教，她是一位心理医生的女儿，这些对她都有影响。
汤姆突然而决绝地抛弃妻子让好莱坞十分震惊，以前的科学教徒对他的行为却不觉得意外。一天，当过环球电å影公司副总裁的彼得·亚历山大正在电脑前工作，屏幕上突然弹出一条短信，短信是同在一个房间的妻子给他的：她想和他离婚，因为他对科学教不再像她那么เ投入了。接着，她立刻把3个孩子叫来，让他们上了车，然后驾车离开，就此驶出了他的生活。同样，当卡伦·普雷斯利决定退出科学教、恢复基督教信仰时，她知道，自己的婚姻注定也走到เ了尽头。类似的情况还有。演员帕克·史蒂文森认识到，他1997๕年跟柯丝蒂·阿利分手，也是科学教从中作祟。“没办法。我是新教圣公会教徒，她是科学教徒，这就是我们的不同。”他对《人物》杂志说。还是1997年，演员汤姆·贝伦格跟信仰科学教的妻子莉萨离了婚，他说，妻子的宗教是他们离婚的因素า之一。
妮可恢复了天主教，她害怕科学教败坏她的名声。好像是提醒她别ี忘了这种危险似的，《国家寻问者》的一篇文章写道，妮可在科学教的听析课上留แ下了几盒她“敞开了心扉”的忏悔磁带。文章暗示，一些个人生活的细节可能对她不利，特别是如果双方要争夺孩子的监护权的话。她想回澳大利ำ亚、她反对汤姆用科学教的方法教育孩子们，这些内容让妮可寝食难安，她的律师比尔·贝斯洛只好请教一位科学教的前高级教徒。这位教徒回忆说：“妮可的律师给我打来电话，说事情很难办。不过，妮可想要的只是孩子们。他问我能不能ม告诉他，这种情况该怎么办？现在，妮可恨科学教，但她更担心两个ฐ孩子。她的任务是尽量悄无声息地带他们离开科学教。她不想弄僵自己้跟科学教的关系。我对她的律师说，要是她想跟孩子们在一起，就必须保持沉默，不要议论科学教。”
如果说普通的名人科学教徒不得不在信仰和婚姻之ใ间做出选择的话，那么เ，像汤姆·克鲁斯这样的活广告找到一位像他一样虔信科学教的配偶，就越重要了。乍看起来，佩内洛普·克鲁兹在马德里的一个贫穷的家庭长大（一家人虔诚信仰天主ว教），她不符合这个条件。的确，佩内洛普在9o年代拜会并采访过加尔各答的特蕾莎修女，特蕾莎修女扶助无家可归者的努力让她深受启，于是她建立了自己的慈善基金“萨贝拉基金会”，以帮助印度的肺结核患者。
同时，佩内洛普对其他宗教信仰也持开放态度。她和墨西哥歌手尼可·卡诺（nao）谈了6年恋爱，这期间她接触了佛教。2ooo年她见到汤姆之前，她描述过自己对信仰的态度：“我是作为天主ว教徒抚养长大的，但我有自己信仰上帝的方式，有自己的祈祷方式，我尊重多种多样的人生哲学。我觉得自己最接近的哲学和宗教是佛教。”
精神自由的佩内洛普女士也许喜欢多种宗教。科学教喜欢自称“应用宗教”，自称可以与其他宗教信仰和平共处，但这是错误的。汤姆和克鲁兹恋爱初ม期，他悄悄地带她去了自己时常出没的地方，即好莱坞的“名人中心”。他带她参观了整幢大楼，最后送给她几本印刷精美的手册和L·罗恩·哈伯德的著作。没过多久，她就开始整天待在“名人中心”，据说一天要待7个小时，全神贯注地上科学教的基本课程。
很快，曾经把妮可淹没的红玫瑰和爱情便条，开始出现在佩内洛普眼前。不过，佩内洛普倒更喜欢他体贴入微的、似乎ๆ乎本能的举动，而不是奢侈的珠宝礼物。“佩内洛普是个不把礼物看得太重的人，”汤姆后来说，“她不是特别喜欢珠宝或者值钱的礼物。她喜欢自己้外出时看到几条留แ言、收到一封信、接到一个电话什么เ的。”