三十一年九月，中央研究院等组西北史地考察团，以达任考古组组长。至河西诸地考稽古迹。三十二年七月，归。三十三年，复入河西。三十四年九月，倭奴降，北平光复。随校北归，为历史系教授兼掌图书馆。
及归，志新沉郁不乐，或呼之而不动，人皆怪之。后某日，暴徒揪殴辽省书记黄火青等于省委礼堂。令吏员瞻观。以巨牌置火青等前胸ถ，戴以高纸帽，肆以侮凌。自文革以降，人以为ฦ常。突闻有号泣之声，众惊观之，志新也。人皆惧祸ຖ及，莫敢为ฦ言。会罢，或告以志新曰：“君当慎之ใ，勿引祸之ใ身。”志新曰：“人云‘文革’为ฦ正道，今余观之，主席之侧，旧人几何耶？中ณ央要员几皆倒，省委庶为阶下之囚。此国之ใ忠良，岂为敌哉？”又曰：“文革达人如叶群、江青者，前皆未闻。林彪新贵，实难可信。”人闻之，皆色变，掩耳散走。
事毕，令麾下心腹卒逐代远等出，冒磐签通行证。平江县令兼民团首刘作柱疑ທ之，夜驰告第三团团长某。作柱等会议，乃觉公略为逆。乃上告变，磐令捕之。公略知事泄，惧诛，遂先发。二十一日，率部奔遁平江南山中。翌日，德怀兵暴平江，踞城。公略闻，遂与涂正坤率部奔平江。欲与会。方至，公略๓令众屯于平江南门外，只身入城谒德怀。连长贺仲斌引其众遁去。公略๓大恚，欲只身逐之，德怀曰：“尔去，恐为所害。”乃止。俄，授红军第五军第四师党代表。
寻，湘府追剿之ใ。集众三万于平江、浏阳。德怀拔营入赣，克修水。后，弃修水，走铜鼓，踞黄金洞。共党令德怀入井冈山会朱毛。九月，奔浏阳、万载。鲁涤平军道阻之。遂潜于平江、修水、铜鼓间。
是时，昭素慕元勋才，遂伸援。知劫将至，昭告某曰：“吾等或就汤火，惟愿不流血。”十月，初定昭罪为“中右”。昭之，自杀。人觉之，得免。校以某按验昭，屡逼问，令自述其罪。昂然曰：“昭无罪，何述之有？”遂定昭为ฦ“极右”，褫学籍，送燕园拘役。凡三岁。昭于囚所，书曰：“冤狱遍地，何缘由也？岂独昭耶？”又曰：“上书陈时弊，何罪之有？”诸如此类，不可胜记。
九年，校并入人民大学。羁押入数据室监禁。昭与张春元相善。与顾雁于上海编《星火》杂志。昭作《海鸥之ใ歌》并长诗《普罗米修斯受难之日》，具刊其上。时，有同为ฦ“右派”者甘粹，遂互爱恋。或发之，遂遭谴。粹流新疆，姻ี约遂败。昭以羸弱，有内疾。时，刘少奇前妻王前亦莫名获罪，与昭同羁。前咯血，甚危。校长吴玉章与国彦、宪民有旧，遂书请宪民领昭、前等回沪养疾。将别ี，昭怅恨，寄诗于某师曰：“风雨同舟始相知，看记天涯同命时，今日握手成一笑，胸怀依然凌云志。”乃归家安养。
会跃进政荒，民生凋敝。昭屡出言以讽时弊，当局不悦。十年七月，彭公庐山蒙难。昭闻之，以为乾ດ坤颠覆，痛彻切骨。遂编期刊曰《赤子之心》，针ฤ贬时弊。当局闻，愈不悦，阴为监控。后，于某所得南斯拉夫国情之ใ书，遂以汇纂，上书京师。十一年十月二十四日，沪上当局遣人逮昭，羁押至所。翌月，国彦绝望，仰药自鸩，死之。
十三年，昭请保外就医,返苏州赡养。具言囹圄中百八十日之惨遇，语妹令范曰：“汝等日后必悔之，不得闻今世最酷烈之制ๆ度”。昭又致力书于北大校长陆平，曰：“吾为ฦ右派之一分子，必要以最后一息献给战斗ç。”又曰：“极权政治，残暴肮脏，不义也。反抗之人，必为ฦ正义光荣之ใ战士。”又责曰：“吾闻蔡孑民先生主政北大时，为援落难学生，亲以奔走国府，如其子嗣然。今日燕园高官，置学子火海，良知何在，天理何存？”皆不报。后，昭与黄政会于苏州。政，亦为“右派”也。同草“中国自由青年战斗联盟计划。十三年九月，昭至上海淮海路，欲以《致北大校长陆平书》及其文数篇交外国侨民，未果。十一月，论昭以谋逆罪，收系提篮桥狱。
昭于狱中，上书《人民日报》者三。屡以血书、绝食抗议，高呼以口号。并记以《思想日记》、《牢狱之花》等凡百篇，又有《提篮桥之黎明》、《与母书》等，奋笔以书，凡二十万言。后，狱卒觉之，尽收笔墨，缴其稿，送械上。昭乃切指，以血为墨做诗词以为咏怀。又取牙具，蘸血书其稿于褥单。狱卒唆同室女囚殴掐之ใ，虐以暴行，遍体皆伤痕。方时，卒窥其雅美清丽，屡欲奸之。昭乃ี以针线紧缝内衣及褥裤ไ。每欲出恭，必以刀剪ຘ之。是故衣衫皆褴褛，不复往日之谨。如是者数年。
十六年五月三十一日，判徒二十年。昭在狱中，不堪凌辱。七月六日，记曰：“呜呼！哀哉！此是何世？！我是何人？！所怀何志？！所遇何事？！天哪，天哪，尚得谓有天理，谓有国法，谓有人情，谓有公道耶？！此衣是十五年八月间穿上，时正在桎梏下，又无纸笔，乃在背上血书＇天日何在＇四字，聊当窦娥自诔。八月下旬ຒ中某日，遭女监、众鸨婆榜掠，两襟＇冤枉＇、＇死不甘心＇等字即受刑时所写。在襟并前胸ถ淋漓血迹，则是同年十一月十日，图穷匕现之日，誓死明志，以玻璃片割裂左腕脉管所沾染。十六年五月卅一日quot;๙宣判quot;后，重到上海市监狱，六月十九日，初次接见至亲胞弟，见面之ใ际，恍若隔世！自怜遭际，谁解苦心，前尘历历，永志弗忘！”
十九年四月，昭将就典刑。以血书告母云：“吾父尝曰：骗诱青年，利其纯真热情以行政治，残酷之甚也。政治，尔虞我诈，骗局也。昔日吾不信，今日悔悟，晚矣！”又曰：“吾今已近不惑之年，自不为ฦ人惑矣。惑人之术，吾不为也。历史将宣告余无罪也。”二十九日，昭为二暴卒捆缚，以车载至龙华机场。以物塞昭口，四卒曳昭出车。卒暴踢昭后，令以跪。一卒执手枪发弹击昭背，立仆，碧血飞溅。昭未气绝，强以坐起。卒乃以手枪发弹击昭颅，脑浆涂地，四卒遂拖尸归所。至是，昭暴死，年三十六。
翌日，有卒数人至昭家，请见昭母宪民及妹令范。曰：“犯逆林昭，已于昨日处决。”宪民闻言即仆厥。又曰：“今已毙昭，请偿子弹之费。”令范曰：“几何？”对曰：“五分。”令范强以镇静，安然曰：“可。”遂与之。及卒等去，急救母，良久乃ี苏。相拥号啕，失声长泣。
昭既死，不得其尸。令范遂起衣冠冢于苏州林岩山之安息公墓，以安其魂。
三十一年，昭案雪冤。
三十二年十二月，法院以昭精神恍惚，妄言无状，宣告昭无罪，尽撤旧ງ日之诉。时昭已殁十三载，按如前言。
史臣曰：国自丁酉以来，出政多荒。五常殆尽，百怪斯呈。士子寒心，贤良闭户。天下须眉，闻风倒竖。昭一女子，言出由心，微云大义。观其义烈，几同秋瑾云。